研究报告
油莎豆转录组测序及生物信息学分析 
陈阳1 
,
闫文芝1 ,
张春1 ,
武悦1 ,
佟臻昊1 ,
顾敏1 ,
单飞彪1* 
,
闫文芝1 ,
张春1 ,
武悦1 ,
佟臻昊1 ,
顾敏1 ,
单飞彪1*
1巴彦淖尔市农牧业科学研究院,农业生物技术研究中心,巴彦淖尔, 015000; 2巴彦淖尔市种子管理站,巴彦淖尔, 015000
作者 通讯作者
《分子植物育种》印刷版, 2022 年, 第 20 卷, 第 3 篇
收稿日期: 2020年07月01日 接受日期: 2020年07月15日 发表日期: 2022年12月09日
作者 通讯作者
《分子植物育种》印刷版, 2022 年, 第 20 卷, 第 3 篇
收稿日期: 2020年07月01日 接受日期: 2020年07月15日 发表日期: 2022年12月09日
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摘要
为获得油莎豆的基因数据和初步了解其基因功能，本研究基于 RNA-Seq技术对油莎豆幼苗叶片和根的混合样品进行转录组测序和生物信息学相关分析。对测序数据进行序列组装共获得 19 607条Unigene，总长度为 21 274 744 bp。将获得 Unigene分别与 COG、GO、KEGG、KOG、Pfam、Swissprot和 Nr数据库进行比对，共计 12 896条 Unigene被注释，占总数的 65.77%。其中 7 527条 Unigene在 GO数据库中比对获得注释，根据功能分为细胞组分、分子功能和生物进程 3大类 52个亚类；12 288条 Unigene在 Nr数据库中获得注释，注释的同源序列主要来自菠萝；通过 KOG数据库比对，7 271条 Unigene被注释到 25个类别中，其中参与一般功能、翻译后修饰及信号传导的注释基因最多。在所有 Unigene中共检索到 154 456个
SNP位点，以碱基转换类型为主。本研究为油莎豆功能基因挖掘和分子标记开发提供理论基础
关键词
油莎豆(Cyperus esculentus)；RNA-Seq；转录组；SNP
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